Eliminar virus de PenDrive

Resulta que, no se como, mi ordenador se infecto con varios virus. De momento, quiero centrarme en uno que aqueja a mi PenDrive: trojan.win32.autorun.rv

Me gustaria saber si hay alguna forma de eliminarlo con un ordenador infectado, pero sin que se borren los archivos, y, a ser posible, sin antivirus.
Ya se que es casi imposible.